默认为将 PHP 编译为 CGI 程序。这将建立一个命令行解释器，可用于 CGI 处理或非 web 相关的 PHP 脚本。如果你运行着一个 PHP 模块支持的 webserver，那通常为性能考虑应该使用模块方式。不过，CGI 版可以使 Apache 用户用不同的 user-id 运行不同的 PHP 页面。如果你要以 CGI 方式运行 PHP 请确保阅读过了安全一章。
自 PHP 4.3.0 起，PHP 有了一些重要的新增功能。又有了一个新的 SAPI 称为 CLI，和 CGI 程序同名。根据配置选项它安装在 {PREFIX}/bin/php，并在手册中PHP 的命令行模式一章中有详细说明。更多细节请阅读该章节。
如果将 PHP 编译为 CGI 程序，可以通过键入 make test 来测试你的编译。测试一下编译永远是个好主意。这样就可以在你的平台上及早捕捉到 PHP 的问题而不是以后再艰难地解决。
如果将 PHP 3 编译为 CGI 程序，可以通过键入 make bench 来进行一下性能的基准测试。注意如果默认打开了安全模式，则如果超过 30 秒的允许范围测试可能不能完成。这是因为 set_time_limit() 不能用于安全模式。用 max_execution_time 配置选项来为你自己的脚本控制此时间限制。make bench 会忽略配置文件。
注: make bench 仅能用于 PHP 3。
某些服务器提供的环境变量没有定义在当前的 CGI/1.1 标准中。只有下列变量定义在其中，其它的都会被当作 'vendor extensions'：AUTH_TYPE, CONTENT_LENGTH, CONTENT_TYPE, GATEWAY_INTERFACE, PATH_INFO, PATH_TRANSLATED, QUERY_STRING, REMOTE_ADDR, REMOTE_HOST, REMOTE_IDENT, REMOTE_USER, REQUEST_METHOD, SCRIPT_NAME, SERVER_NAME, SERVER_PORT, SERVER_PROTOCOL 和 SERVER_SOFTWARE。